Squid3
Потребовалось блокировать и разрешать Skype в терминале , мы используем Squid3 так что данную задачу можно легко сделать:
Разрешаем:
Блокируем:
Если потребуется что-то еще заблокировать заходите http://wiki.squid-cache.org/ConfigExamples/Chat/ там есть все =)